Ya antes de los años cincuenta, se venía celebrando en Madrid, un mercado avícola, en el que, además de las cotidianas compraventas de productos, se obtenían los precios de referencia de las canales de pollo, así como de los huevos.
Este mercado se celebraba en una nave del Matadero Municipal de Madrid y se realizaba con presencia física de los productos que de comercializaban.
Junto con estos dos mercados, y en las temporadas de caza, existía otro mercado dedicado a las compraventa de conejos y monte, celebrándose en los bajos del antiguo Mercado de Pescados, hoy Centro Comercial Puerta de Toledo.
Una vez que el Ayuntamiento de Madrid, dejó de prestar sus locales para la celebración de estos mercados de precios, la iniciativa privada se encargó de seguir promoviendo la celebración de estos mercados, siendo que, una vez dejaron de tener presencia física de mercancías, se celebraban las Mesas de Precios, que de una forma orientativa se encargaban de fijar los precios de los distintos productos que allí se cotizaban.
Al carecer ya del apoyo del Ayuntamiento, y al no tener un local especialmente habilitado para ello, la Lonja se fue celebrando en distintos lugares variopintos, tales como en las cafeterías de diversos hoteles, etc., y siempre a costa de los diversos comerciantes que a la misma acudían.
Respecto al mercado de carnes, los compradores efectuaban sus compras directamente con los entradores de ganado, y ajustaban particularmente los precios, sin que hubiera una constancia, más o menos oficial, de los precios de dicho Mercado.
Fue en 1978, cuando la Lonja de Contratación de Carnes se instituyó a iniciativa de las Salas de Despiece de la Capital y en colaboración con el aquel entonces Gobernador Civil de Madrid, D. J.J.Rosón (que posteriormente fue Ministro del Interior). Y así se trasladó la Lonja de Carnes a la Cámara de Comercio de Madrid, bajo cuyos auspicios se creó la denominada inicialmente "Lonja de Contratación de Carnes de Madrid".
En esta Lonja de Contratación de Carnes de Madrid, quedaban representados los Ganaderos, Detallistas, Almacenistas Mayoristas, Sociedades de Abasto, Mataderos y Salas de Despiece.
Y así, durante muchos años, funcionó en Madrid, por un lado el Mercado Avícola, y por otro el Mercado Cárnico. No fue hasta 1.990, y gracias a los auspicios de la Comunidad de Madrid, en concreto de la antigua Consejería de Agricultura y Cooperación, cuando se decide unificar la regulación y funcionamiento de ambos mercados, y así la Orden de 26 de Marzo de 1.990, crea los Estatutos de la Lonja Agropecuaria de Madrid, ostentando desde entonces esta nueva denominación, y actuando bajo el paraguas legal de la Comunidad de Madrid.
Durante un periodo de tiempo las reuniones se siguieron celebrando en el Hotel Praga (la Lonja Avícola), y en el Hotel Chamartín (la Lonja de Carnes).
Posteriormente, la Comunidad de Madrid, facilitó a la Lonja unas instalaciones en el Centro Agropecuario de Colmenar Viejo, lugar en el cual se celebró la Lonja durante varios años. Posteriormente se celebró en el C.C. Mercado Puerta de Toledo, siendo que en la actualidad la Lonja celebra sus reuniones en las Instalaciones de la Cámara Agraria de Madrid, sita en la Avda. de Ángel nº 4.
En la actualidad la Lonja Agropecuaria de Madrid celebra siete mesas semanales de precios, cotizando los HUEVOS, POLLOS, CONEJOS, GALLINAS, VACUNO, PORCINO Y OVINO, cotizando 122 productos semanalmente. Las Mesas Avícolas se celebran los lunes por la mañana, y las Cárnicas los lunes por la tarde.
A estas mesas de precios asisten regularmente los representantes de las principales empresas productoras y comercializadoras, así como sus asociaciones, que producen o comercializan sus productos en la Comunidad de Madrid, siendo que la importancia y representatividad de estas empresas es tal, que en alguna de sus mesas, el precio fijado sirve de referencia a todo el sector nacional.